90年代，这种澄清工作很快就溯源到了历史学本体论和历史本体论的范畴领域，把“历史学是科学吗？”作为一个准“假问题”——何先生没有直接认定它是一个“假问题”，而只是认为它是“唯科学观点”的一种表现，故用准“假问题”来称之——来清理。从他发表的一些文章中，如《对历史学的若干反思》、《历史学两重性片论》、《历史两重性片论》、《历史学家、历史学和历史》，以及被他收入自己的“学术文化随笔”集中的《〈历史与历史学〉自序》，等等，不难发现他的历史学作为一门人文学科是“超科学”之说：“人们对历史的研究和认识则构成为历史学。”
综观何先生的有关论述，不妨概括为：历史学是以思想史为其中最本质、最核心的部分，由人们对历史的研究、认识和体验所构成，一门兼具科学、哲学、艺术而又非科学、非哲学、非艺术，不是实证的人文学科。
