12日，段祺瑞责成卢永祥会同苏军总指挥秦洸戡乱驻扎在上海的齐燮元部和孙传芳部，并于13日下令孙传芳撤兵回浙。卢永祥在南京组织宣抚军，以奉军军长张宗昌为宣抚军总司令兼第一路军总指挥，参谋长臧致平兼第二路军总指挥，军务帮办陈调元兼第三路军总指挥，江苏全省水陆警备司令冷遹为戒严总司令。但苏军总指挥秦洸却在苏州遭到驻防在当地部队的攻击，苏州商会只好支付一笔钱请秦洸撤出苏州。上海的齐燮元部借机通过苏州，与常州、镇江的齐燮元旧部联合。14日，齐燮元和孙传芳联名通电，表示愿意撤出上海，并提出废除护军使及镇守使等名目，反对以后再设此类军职，兵工厂亦即日择地迁移。随后，北京政府同意将上海设为特别市，齐燮元和孙传芳所部遂退出上海。
上海的形势虽然得以解决，但东南局势并未由此日趋平稳。在奉系军阀不断施压之下，8月24日，北京政府任命杨宇霆为江苏督军、姜登选为安徽督军，率领奉军南下。9月间，杨宇霆抵达南京，奉军第二十师师长邢士廉以戒严司令名义驻防上海。到这个时候，奉军将领杨宇霆、姜登选和张宗昌悉数南下，奉系俨然有鲸吞长江之意。10月8日，孙传芳两次召开秘密军事会议，反对北京政府的各省代表均到会，甚至连冯玉祥也派出了代表参会。翌日，浙江督署向金融界暂借军饷100万元，10日以秋操为名下令预备动员。