段祺瑞主政后不久，即发生了“府院之争”，段祺瑞出走天津，黎元洪电请长江巡阅使张勋北上，结果张勋进入北京之后搬出清朝退位的皇帝溥仪，复辟清室。张勋之北上，固然有黎元洪引狼入室之责，但其实暗地里亦有皖系徐树铮之默许。辫帅以为得到北洋系支持，便可入京复辟清室。哪知段祺瑞虽退居天津，其实是段氏惯常使用的“以退为进”的策略，张勋入京复辟，段祺瑞乃以“讨逆”为口号再度崛起。但段祺瑞要“讨逆”，却苦于皖系军队距离京津较远，一时无法调集至身边，只好用直系部队对付辫子军。当时直系部队距离北京最近的就是第八师李长泰部和第十六混成旅，李长泰部尚且好说，第十六混成旅旅长冯玉祥便是被傅良佐排挤走，如今要调动这支部队，段氏必须要拉拢冯玉祥。段祺瑞乃派特使往见冯玉祥，并许以名利，冯玉祥以“讨逆”为重，不计前嫌，驰回廊坊指挥战斗。
辫子军不堪一击，清室复辟最终沦为一场闹剧，“讨逆”成功后冯玉祥复任第十六混成旅旅长。段祺瑞主政后即开始推行其“武力统一”的策略，为了尽快完成统一，皖系出兵湖南，并派冯玉祥由廊坊开往福建，来进攻广东的陆荣廷。冯玉祥南下抵达浦口，便不再前进，因为他的舅舅兼老上司陆建章已经在江苏倡导主和。1918年2月14日，冯玉祥在武穴发出通电宣布独立，并且痛斥南北战争是“无意识和最无情理”的战争，他宣扬南北和谈，并以岳州归湖南、襄阳归湖北为基础，“或罢兵，或杀玉祥以谢天下”。当时便有传言此事是陆建章在幕后筹划的，是故才会牵扯出日后徐树铮在天津杀陆建章，而冯玉祥与徐树铮之间的恩怨便已在此时结下。