再譬如，百日维新失败后，慈禧太后软禁光绪帝、屠杀“六君子”、废除变法举措，在白色恐怖下，孙家鼐牢记祖训“居心要存仁厚，勿事残刻奸巧”，他不顾个人安危，奔走呼号，终于让慈禧太后网开一面，使京师大学堂侥幸存活，为中国传统教育向现代教育转型提供了坚实平台。
在日常生活中，他也是严以律己，积极践行家训。1871年夏天，孙家鼐请假回乡省亲。因家族人丁兴旺，住房日益局促，他就与三哥、四哥合伙购置了一块土地，准备盖几栋新房。可是，有一个老太太却上门胡闹。以他的京官身份，只要给知州打声招呼，老太太肯定吃不了、兜着走。但孙家鼐遵循“勿持强凌弱，勿以智欺愚”的家训，动了恻隐之心，可怜她贫困无助，主动赠送她一笔钱，平息纠纷。还有一天傍晚，他身穿便服，出城看完朋友后返回城里。因城门洞子长、光线暗、行人多，一个莽汉挑着一担粪水迎面撞来，孙家鼐赶紧躲闪，并提醒他以后走路注意行人。那位莽汉不但不赔礼道歉，反而口吐狂言：“我是孙状元家的伙计，你能把我怎么样？”孙家鼐厉声训斥说：“状元家的伙计也不能仗势欺人！”回到家里，他马上召开家族会议，责成管家立即解雇那位莽汉，对所有雇工严加管教；他还对家人提出更为具体的要求：孙家后代每个人的言行举止都要以《家训》为准则，16岁之前不许穿丝绸，不许穿皮毛；如有偷、抢、奸等行为，族长有权给予严惩……